Kamu mali yönetiminin yapısını ve işleyişini düzenleyen 5018 sayılı Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile yeni kamu mali yönetimi, yönetim sorumluluğu esasına göre düzenlenmiştir.

Kanunun 63. maddesinde iç denetim; kamu idaresinin çalışmalarına değer katmak ve geliştirmek için kaynakların ekonomiklik, etkililik ve verimlilik esaslarına göre yönetilip yönetilmediğini değerlendirmek ve rehberlik yapmak amacıyla yapılan bağımsız, nesnel güvence sağlama ve danışmanlık faaliyeti olarak tanımlanmıştır. Bu faaliyetler, idarelerin yönetim ve kontrol yapıları ile malî işlemlerinin risk yönetimi, yönetim ve kontrol süreçlerinin etkinliğini değerlendirmek ve geliştirmek yönünde sistematik, sürekli ve disiplinli bir yaklaşımla ve genel kabul görmüş standartlara uygun olarak gerçekleştirilecektir.

Kanuna göre iç denetim, iç denetçiler tarafından yapılır ve kamu idarelerinin yapısı ve personel sayısı dikkate alınmak suretiyle, İç Denetim Koordinasyon Kurulunun uygun görüşü üzerine, doğrudan üst yöneticiye bağlı iç denetim birimi başkanlıkları kurulabilir. İç Denetim Birimi Başkanlığı Rektörlük Makamının 14.02.2007 tarihli Olur' u ile de doğrudan Rektörlük Makamına bağlı olarak kurulmuştur.